一、ISO9001質量管理體系、ISO14001環境管理體系和ISO45001職業健康安全管理體系三體系標準均有對內部審核的要求，但規定不。
二、內部審核時間的規定不一樣：ISO9001質量管理體系標準要求按策劃時間間隔；ISO14001環境管理體系標準要求按計劃的時間間隔；ISO45001職業健康安全管理體系標準要求定期開展職業健康安全管理體系審核，因此，應明確審核的周期。
三、三個體系的要求不同。質量體系要滿足質量管理和對顧客滿意的要求，環境管理體系要服從眾多相關方的需求，特別是法規的要求，職業健康安全管理體系關注組織內部員工的人身權利。 ISO9000標準是對顧客承諾；ISO14000標準是對**、社會和眾多相關方（包括股東、保險公司等等）承諾；ISO45001是對員工及社會等相關方承諾。
以上就是ISO三體系認證的區別，正是因為三體系認證的重點不一樣，對于企業意義重點也不一樣。企業申請ISO三體系的效益如下：
1、質量管理體系：穩定服務質量，減少客戶投訴，為客戶和潛在的客戶提供信心，提高企業信譽，直接有利于拓展市場。
2、環境管理體系：節約能源資源，降低企業各種管理成本和損失成本；持續達到排放、減少排污費用，提高效益，提高市場競爭力，為保護環境作貢獻。
3、職業健康安全管理體系：提升公司的企業形象；增強公司凝聚力；減少企業經營的職業安全衛生風險，達到企業永續經營；進行內部管理改善，避免職業安全衛生問題所造成的直接/間接損失；善盡企業的國際/社會責任；順應國際貿易的新潮流，突破貿易壁壘。
ISO三體系是企業的萬金油，各行各業的招投標都需要ISO三體系資質證書，企業如未申請ISO三體系證書，盡快申請，以備將來之需。